목요일, 3월 28
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알츠 공부하자

#008 한학기가 끝나가고 Imperial College 의 Department of Computing 에 대해 고찰해 봅니다.

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일단 이 학교 컴퓨팅 학과의 장점은 1. 학생을 괴롭힌다 -- 쉬는거 안봐주고 계속 공부 시킨다. 주말에도 밤새도록 공부해야 한다. 2. 수업이 열라 많고 lab workshop 도 줄기차게 참석해야 한다. 컴퓨터실에서 줄기차게 산다 3. 타 대학에 비해 (캠브리지, 옥스포드, 브리스톨, 요크, 에딘버러와 비교해서) 교과 과목수가 월등히 많고, 코스웍도 배로 많다. 4. Individual project 도 해야 되고, group project 도 해야 한다. 5. 프로그래밍 랭귀지를 1주일내내 가르쳐 준다 (Prolog, C++, Assembly, Perl, Java, Haskell) 그리곤 숙제를 무진장 내준다 단점은.. 1. 교수 사이에 권력 싸움이 좀 있었던 듯 싶다 2. 워낙 단 시간에 많은 교과를 소화해 내야 되기 때문에 진도가 빠르고, 학생이 알아서 쫓아가야 한다 3. 당연한 결과로 teaching skill 이 떨어진다. (진도 나가기 바쁘니까) 4. 코스웍과 렉쳐 사이의 Gap 이 좀 큰 편이다. (학생들이 코스웍에 어리둥절할때가=많다-어떻게 풀어야 되는지 몰라서.. 대충 가르치고 어려운 문제를 풀라고 하니까..) 5. 방학 기간이 타 학교에 비해 짧고 방학끝나면 꼭 시험을 보려고 한다. 6. 학생수에 비해 학과 space 가 작다 (이건 학교 전체적인 문제인듯.. 세계에서 가장 비싼 땅값을 자랑하는 south kensington 에 학교를 세운 결과인듯) 7. 이건 나에게 가장 크게 다가오는 단점으로 생각하는 건데.. 자신이 좋아하는 subject 에 초점을 ...

#008 BLAST algorithm 이란?

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특정 organism별 유전자 유사성 검색 이번 주에는 organism별로 유전자 유사성 검색을 할 수있는 곳을 소개한 Trends in Genetics 13(7), 286-287 (1997)에 개제되었던 Whitehead Institute for Biomedical Research의 Fran Lewitter가 쓴 "How to limit your sequence search by organism"을 번역 정리합니다. 개요일반적으로 유전자에 대한 유사성 검색을 수행시 GenBank, EMBL등의 데이터 베이스를 대상으로 BLAST algorithm을 이용하여 검색을 하게 된다. ..... http://bric.postech.ac.kr/info/review/36.html BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)란? 뉴클레오타이드 데이타베이스(nucleotide database)와 단백질 데이터베이스(protein database)의 신속한 검색 방법을 제공하는 ncbi의 하나의 tool이다. BLAST에서 사용하는 알고리즘은 전체적인 상호관련성뿐만 아니라 부분적인 유사도도 탐지하기 때문에, 관련이 없는 단백질 또는 DNA내에 파묻혀 있는 similarity의 영역도 탐지될 수 있다. 이것들의 모든 타입의 similarity는 미지의 단백질의 기능 및 공통된 진화론적 관점에 대한 중요한 단서를 제공할 수도 있다. 특징 protein sequence 및 nucleic acid sequence을 입력으로 받아 특정 NCBI 데이터베이스와 비교하...

#014 영국에서 통장 계좌 및 카드 만드는 법

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제가 글을 하나 안올린게 있네요.. 바로 제일 중요한 !!! 영국에서 통장 계좌 만드는 일입니다. 보통 영국에서 가장 큰 은행은 (우리나라 국민은행 같은..) Barclay 입니다. 그런데, 바클레이나 HSBC 등은 일정 금액 이상을 넣어놔야 하고, 또한 HSBC 는 한달에 5파운드(약 만원)을 사용료로 내야 합니다. 유학생에게는 적지 않은 금액이며, 이 또한 적다고 해도 매달 나가는 이 돈이 매우 아깝습니다. 저는 학교안에 Natwest 은행이 있어서, 그곳에 은행계좌를 열었는데요. 은행 계좌를 열때 필요한 서류를 말씀드리면요! 1. 스쿨레터 (어학원이나 학교 교무처등에서 받을 수 있겠죠) 중요한 것은 스쿨레터에 영국 거주 주소와 한국에서의 거주 주소를 반드시 기재해야 합니다. 즉, 학교 교무처에 스쿨레터 신청시, 레터안에 꼭 두 주소를 넣어달라고 요청해야 합니다. 보통 학교의 스쿨레터 신청서에 보면, 레터안에 무엇을 넣어야 되는가를 기입하는 란이 있는데요 이곳에 자신의 영국 주소와 한국 거주 주소를 적어 넣습니다. 이렇게 기입한 영국 주소로 우편으로 체크 (수표)와 데비카드(혹은 신용카드)가 날라 오겠죠. 그러니 주소를 정확하게 잘 기입해야 합니다. 2. 여권.. 여권이 필요했던 걸로 기억합니다. 3. 신청서 작성.. 신청서 열라 종이 많습니다.. 그런데 캐나다에서 공부하다 온 여학생이 하는 말이 캐나다의 1/3 도 안된다고 하네요.. 여하튼 신청서에 기입하는 거 열라 많았습니다. 4. 아! 중요한 것 한가지.. 한국에서 거래 은행에 가셔서...

#007 논리학에 관한 정보

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여기서 참 많이 배운 것 중 하나가 논리학인데요.. 그 중에서도 연역에 의한 추론입니다. 몇가지 소개드리자면, 1. 영어를 어떻게 formal 하게 표현할 것인가? 2. formal 하게 표현된 사실들로부터 새로운 질문에 대해 어떻게 inference 를 하느냐는 것입니다. 즉, 이 세상에 많은 정보들이 있습니다. 그 정보들을 통해 새로운 지식을 추구하고 싶은 것이 인간입니다. 이럴때 기존의 사실들을 통해 어떻게 새로운 지식을 만들어 낼 수 있을까요? 혹은, 우리가 법률을 만들어 냅니다. 어떤 사건이 발생했을 때 누구의 잘못인지를 어떻게 가려낼 수 있을까요? 혹은 누구의 주장을 믿어야 할까요? 이러한 질문에 대한 해답을 주는 것이 논리학입니다. 80년대에는 expert system 을 만드는데 많이 사용했습니다. (병원의 레지던트보다 컴퓨터가 훨씬 더 정확하게 진단하는 프로그램이 개발되기도 한 시기였죠) 논리학의 시작을 영국에서는 아리스토텔레스로부터 찾는 듯 합니다.. http://www-gap.dcs.st-and.ac.uk/~history/Mathematicians/Aristotle.html 이 글이 재미있으시다면, http://www.doc.ic.ac.uk/~sgc/teaching/v231/lecture7.html 여기를 읽어 보세요.. Posted by webhelper...

#005 그룹 프로젝트를 하면서 느끼는 점

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지난번에 말씀드린대로 지금 현재 그룹 프로젝트를 진행하고 있습니다. 몇가지 느끼는 점들이 생기네요.. 제 개인적인 느낌이므로, 완전 주관적인 견해 입니다만, 1. 프로그램을 어떻게 작성해야 되는지 잘 모르는 것 같다 2. 프로토타입의 개념을 잘 모르는 것 같다 3. 아키텍쳐를 잘 못잡는 것 같다 4. 디자인 시점에서 클래스다이어그램을 너무 자세하게 생각하는 것 같다 5. 모든지 동의하에 일이 진행되야 된다고 믿는다..... 우선 5명으로 구성되어 있지만, 대부분 공부는 잘하지만, 경험은 없는 학생들 입니다. 이 학생들이 프로그램 개발 경험이 거의 없으므로, 어디서 어떻게 시작을 해야 되는지 잘 모르더군요. 그리고 학교에서 배운대로 도메인 분석하고 클래스 다이어그램 그려야 된다고 생각을 하는데요.. 일단 생각나는대로 프로그램 코드를 작성해 보고, 돌려보고, 문제점을 파악하는 훈련이 되어 있지 못하더군요. 그러니, 프로토타입이 무엇인지, 어디까지가 프로토타입인지 분간을 못합니다. 그리고 자신이 어디까지 개발이 가능한지조차 모르더라구요. 당연히 경험이 부족하다보니, 제대로 된 아키텍쳐를 만들어 내질 못합니다. 한 예로 서버-클라이언트 프로그램에 대해서 RMI와 개념을 분별하지 못하더군요. 그리고 서버-클라이언트 프로그램 개발하는 것에 대해 공포감을 가지고 있었습니다. 서로 커플링 시키지 않게 콤포넌트별로 구분해야 되는데 그 개념도 없구요. 여러대의 서버가 있을때, 서버의 시간에 대해 싱크로나이즈 시키는 방법에 대해서, 제가 인터넷 서버 시간을 백그라운드로 정기적으...

#006 일리노이 대학교 데이터 마이닝 수업 자료

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http://www-faculty.cs.uiuc.edu/~hanj/bk2/slidesindex.html 이번학기 Bioinformatics 의 sub lecture 로 microarray 를 배우는데요. 그 과목의 부교재 입니다. 일리노이 학생들을 위해서 책에 약간의 수정을 해서 (최신 기술 등을 첨부해서) 만든 수업 렉쳐 노트라고 하는데요. 미셀이나 웨카 책과는 다르게 클러스터와 시간에 따른 순서를 가진 데이터를 어떻게 분석할 것인가의 내용이 덧붙여 있네요.. 제가 아는 교수님이 이곳 데이터 마이닝으로 박사를 하는 것도 좋을 거라고 추천해 주셔서 알게된 곳이기도 합니다. (아직은 제 박사 행보는 정하지 않았답니다.. 일단 석사결과를 보고 판단하는게 좋을 것 같아요) 유용한 자료가 되시길 바랍니다. 그리고 바이오인포메틱스에 관심있으신 분들은 댓글에 이메일 주시면 강의 노트 드릴께요 Posted by webhelper...

#002 영국에서 집구하기

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일단 6개월 정도 살만한 집을 알아보고 있다. 모든 가구와 부엌 식기류, 침대등이 모두 있어야 하고 거실과 방이 분리되어야 하며, 마트가 가까워야 되고 기차역에 근접해야 한다...... 라는 조건을 가지고 하고 있다.. 정보는 여기 참고.. 사이트는 www.gumtree.com Posted by webhelper

#008 영어단어 외우기 2

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그날 빈 단어카드들를 사서 집으로 온 나는 3500개 단어 정복에 돌입했다. 먼저 앞면에 단어를 적고, 뒷면에는 뜻풀이를 1,2,3번째 의미까지 적었다. 연상되는 그림이 있으면 재빨리 그려 넣었다. 특히 중요하다고 생각되는 단어에는 형광펜으로 표시를 해 두었다. 그렇게 3500개를 모두 만든 뒤, 100장씩 묶어 서른 다섯 묶음으로 나누었다. 그리고 한 묶음씩 들고 차례로 보며 외우기 시작했다. 몹시 무식한 방법처럼 들리겠지만 그날 내가 한 것을 소개해 보겠다. ① 묶음 1의 단어카드를 들고 앞과 뒤를 완전히 외운 뒤 한 장씩 옆에 쌓아둔다. 100장이 쌓이면 반복해서 한번 씩 더 외우고, 다 됐다 싶으면 책상 맨 가장자리로 밀어 놓는다. ② 묶음 2의 100장을 ①과 같은 방법으로 외운 뒤, 묶음 1과 합쳐 200장을 다시 한번 반복해 준 뒤 책상 한쪽으로 밀어 놓는다. ③ 묶음 3의 100장을 ①과 같은 방법으로 외운 뒤, 묶음 1과 2와 3을 합쳐 300장을 다시 한번 외워준 뒤 책상 한쪽으로 밀어 놓은다. 묶음 4와 5도 같은 방법으로 한 다음, 500장을 합쳐 외우는 것이 끝나면 책상 밑으로 그 500장을 내려 놓는다. 여기서 500장 묶음을 단위로 책상 아래로 옮기는 것은, 일단 눈에 보이지 않는 곳으로 골칫덩이들을 치워줌으로써 '이 만큼은 해치웠다!‘라는 성취감을 주기 위한 것이다. 그 전에 100장씩 책상 한쪽으로 밀어놓는 것도 같은 효과를 위해서다. ④위의 ①에서 ③까지를 일곱 법 거듭하면 카드 서른 다섯 묶음이 모두 책상 밑으로 들어가게 된다. ⑤이것을 다시 모두 책상 위로 올려...

#007 영단어 외우기

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1시간에 100단어 암기법 (일명, 에빙하우스 암기법)   핵심은 집중과 반복입니다. 다음 요령대로 학습하면, 최소 30단어 외우는 것은 기본이고, 50단어, 100단어까지 암기할 수 있습니다.   ① 5단어씩 외운다 (5~10단어 사이) ② 쓰면서 외우지 않고, 눈으로 보고 입으로 소리내면서 외운다 ③ 한 단어를 2~3번만 중얼거리고 (대략 10초, 길어도 20초 이내) 안외워진 느낌이 들어도 무조건 다음 단어로 넘어간다 (매우중요!) ④ 전체를 1~2회 반복 후 뜻을 가리고 봤을 때, 즉시 뜻이 안떠오르면 그 단어에 표시하면서, 동시에 2~3번만 읽고 넘어가면서 계속 반복한다 ⑤ 다 외워지면, 즉시 다음 5단어를 같은 방식으로 외운다     외운 단어 1년 내내 기억하기 (일명, 에빙하우스 복습법)   이제 여러분께 새로운 복습법 (일명, 에빙하우스 복습법)을 소개합니다. 여기서 알려드리는 복습 주기는 (A) 외운 단어를 잊기 직전의 복습 일정이고, (B) 그렇기 때문에 복습하는 데 걸리는 시간이 5분이면 충분하고 (C) 불필요한 과잉학습, 학습남발을 막을 수 있는 경제적이고 놀라운 복습 일정입니다.   ① 오늘 공부한 것을 오늘 안에 1회 복습한다 (▶ 대략 하루 동안 기억이 유지됨) ② 하루 뒤에 복습한다                                 (▶ 대략 일주일 기억 유지) ③ 일주일 뒤에 복습한다                   ...